Сигеки Мори скончался 19 ноября 1989 года после тяжелой, продолжительной болезни.

Часть его праха по завещанию мэра Неагари захоронена в 1990 году на кладбище в

городе-побратиме Шелехове, который Сигеки Мори считал своей второй родиной. По воле покойного обряд погребения проводился по обычаям русской православной церкви. В марте 2001 года Президент РФ Владимир Путин и член правительства Японии Иосиро Мори посетили мемориальный комплекс Сигеки Мори, высоко оценив работу муниципалитетов в развитии дружественных связей.